В патогенезе различных психических заболеваний играет гормон мелатонин. Синтезируется мелатонин из аминокислоты L-триптофана. А метаболизируется в печени. В частности в расстройствах аффективного спектра, например, депрессии. Мелатонин контролирует иммунную систему, влияя на деятельность желудочно-кишечного тракта. Мелатонин вырабатывается не только шишковидной железой, но и сетчаткой глаза, клетками иммунной системы, половыми железами. Его секреция регулируется гипоталамусом и внешним ритмом («свет-тень»). При аффективных расстройствах у 60% пациентов снижается концентрация мелатонина. Мелатонин задает ритм всем эндогенным ритмом организма. Он также является иммуномодулятором, регулируют продукцию клеток иммунной системы, секрецию цитокинов, участвуя в клеточном и гуморальном звене иммунитета. Мелатонин уменьшает размеры инфарктов миокарда. При нарушении сна уровень мелатонина в крови меняется. Для правильного подбора препарата необходимо анализировать его метаболиты: мелатонин-сульфат и 6-гидроксиглюкоронид. Считается, что социальный стресс реализуется через эпифиз.